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編制

護衛艦隊

護衛艦隊直轄部隊

海上訓練指導戦隊
第1海上補給隊
第1輸送隊
第1海上訓練支援隊

護衛戦隊

第1護衛戦隊(司令部:横須賀基地)
 第1護衛隊
 第5護衛隊 
第2護衛戦隊(司令部:佐世保基地)
 第2護衛隊
 第6護衛隊
第3護衛戦隊(司令部:舞鶴基地)
 第3護衛隊
 第7護衛隊
第4護衛戦隊(司令部:呉基地)
 第4護衛隊
 第8護衛隊

地方配備部隊

第11護衛隊(横須賀基地)
第12護衛隊(呉基地)
第13護衛隊(佐世保基地)
第14護衛隊(舞鶴基地)
第15護衛隊(大湊基地)

航空艦隊

第一航空戦隊(佐世保)
     第一基地航空団(鹿屋航空基地)
+ ...
     第五基地航空団(那覇航空基地)
     第二二基地航空団(大村航空基地)
     第三一航空群(岩国航空基地)
     第一一一航空隊(岩国航空基地)
     第一航空修理隊(鹿屋航空基地)

第二航空戦隊(大湊)
     第二基地航空団(八戸航空基地)
     第二航空修理隊(八戸航空基地)
     機動施設隊(八戸航空基地

第三航空戦隊(横須賀)
     第4航空群(厚木航空基地)
     第21航空群(館山航空基地)
     第51航空隊(厚木航空基地):航空機等の試験評価および運用指導
     第61航空隊(厚木航空基地):YS-11、LC-90による輸送部隊
     航空管制隊(厚木航空基地)

航空教育集団
     教育航空集団司令部 - (下総航空基地)
     下総教育航空群 - (下総航空基地)
     徳島教育航空群 - (徳島航空基地)
     小月教育航空群 - (小月航空基地)
     第211教育航空隊 - (鹿屋航空基地)

潜水艦隊

潜水艦隊司令部(横須賀基地)
 第1潜水戦隊(呉基地)
 第2潜水戦隊(横須賀基地)
潜水艦教育訓練隊(呉基地)
 第1練習潜水隊(呉基地)
横須賀潜水艦教育訓練分遣隊(横須賀基地)